В 1906 году Уильям прибыл в команду, которая только что стала чемпионом Англии во второй раз в истории своего существования. Несмотря на наличие в составе ряда прекрасных игроков, «красным» не удалось повторить успех предыдущего сезона в 1907 году. Даже мяч, забитый Макферсоном в матче против клуба «Вулвич Арсенал», не спас команду от поражения, которое стало четвертым подряд в чемпионате. Неделю спустя «красные» проиграли и в пятый раз, уступив клубу «Шеффилд Уэнсдей» на поле своего стадиона. Тем не менее команде удалось не пасть духом, и в следующих девяти матчах было одержано семь побед. Макферсон успел забить 11 мячей в 32 матчах того сезона.
В начале сезона 1907/1908 Уильям провёл только семь матчей, однако потом число поединков с его участием резко возросло, и к концу чемпионата их насчитывалось уже 20. Макферсон семь раз защищал честь клуба в розыгрыше Кубка Англии и забил один мяч, когда в самом начале февраля 1907 года «красные» встречались с клубом «Олдхэм Атлетик».
